研究人員還表示，在人類和動(dòng)物中，一種更早期的、適應(yīng)性較差的共同祖病毒尚未被找到，其前體或分支也是缺失的。這表明該病毒以一種高人類適應(yīng)性的形式進(jìn)入人類社會(huì)，這也意味著在不久的將來(lái)再次出現(xiàn)SARS-CoV-2的風(fēng)險(xiǎn)較高，且其后果可能較嚴(yán)重。

疫情暴發(fā)至今，新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）在人類中表現(xiàn)出極強(qiáng)的傳播能力。近日，通過(guò)將SARS-CoV-2和2003年暴發(fā)的SARS-CoV（嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒）之間的進(jìn)化動(dòng)態(tài)進(jìn)行比較，科研人員驚訝地發(fā)現(xiàn)，SARS-CoV-2在人類中傳播初期就具有高度適應(yīng)性，其程度類似于當(dāng)年SARS-CoV流行的晚期。

當(dāng)?shù)貢r(shí)間5月2日，生物科學(xué)預(yù)印本平臺(tái)bioRxiv在線發(fā)表了題為“SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?”的研究論文，研究團(tuán)隊(duì)來(lái)自加拿大英屬哥倫比亞大學(xué)、美國(guó)麻省理工學(xué)院-哈佛大學(xué)博德研究所（Broad Institute）斯坦利精神病學(xué)研究中心、加拿大醫(yī)療企業(yè)Fusion Genomics等，通訊作者為英屬哥倫比亞大學(xué)生物多樣性研究中心的Shing Hei Zhan與博德研究所的Alina Chan。

研究結(jié)果表明，2019年末首次檢測(cè)到SARS-CoV-2時(shí)，它已經(jīng)對(duì)人類具有高度的適應(yīng)性，其程度類似于流行晚期的SARS-CoV。同時(shí)，研究人員尚未檢測(cè)到人類適應(yīng)性較差的類SARS-CoV-2病毒的進(jìn)化前體或進(jìn)化分支。

這意味著，新冠病毒在傳播之初就具有極強(qiáng)的人類適應(yīng)性和傳染性。因此，研究人員強(qiáng)調(diào)，其二次暴發(fā)的可能性較大，應(yīng)引起國(guó)際社會(huì)更大的關(guān)注，以明確其來(lái)源并防止二次暴發(fā)。

作者們警告，如果具有相似的人類傳播性和適應(yīng)性，那么任何現(xiàn)有的SARS-CoV-2祖病毒庫(kù)都是特別危險(xiǎn)的。

作者們還強(qiáng)調(diào)，新冠病毒的S蛋白（刺突糖蛋白）有可能在蝙蝠或多種中間宿主中自然進(jìn)化出其廣泛的物種向性（species tropism），即它可能與多物種的受體結(jié)合。

對(duì)此，研究人員提出建議，應(yīng)擴(kuò)大采樣范圍，從市場(chǎng)、農(nóng)場(chǎng)和野生動(dòng)物中收集SARS-CoV-2樣病毒。此外，應(yīng)該檢查2019年底前幾個(gè)月的人類樣本中SARS-CoV-2樣病毒或SARS-CoV-2反應(yīng)抗體，以檢測(cè)病毒在人類社會(huì)中流行的前體。

新冠病毒高度適應(yīng)于人類，需高度警惕二次暴發(fā)

對(duì)于新冠病毒而言，研發(fā)特定的抗病毒藥物、抗體或疫苗所用的時(shí)間長(zhǎng)短取決于病毒基因或蛋白質(zhì)的進(jìn)化速度和傳播程度。

日前，包括鐘南山院士在內(nèi)的多個(gè)專家團(tuán)隊(duì)已經(jīng)指出，新冠病毒在傳播過(guò)程中發(fā)生了廣泛的變異，現(xiàn)在已經(jīng)非常適應(yīng)在人體內(nèi)生存。之前的一些醫(yī)學(xué)報(bào)告指出，SARS-CoV-2基因組似乎穩(wěn)定下來(lái)，其在人體的適應(yīng)壓力不大，這對(duì)診斷、疫苗和治療學(xué)的發(fā)展都是好兆頭。

為了更好地了解SARS-CoV-2基因組的穩(wěn)定性，研究人員對(duì)SARS-CoV-2和SARS-CoV之間的進(jìn)化動(dòng)力學(xué)進(jìn)行了并行比較。

研究人員收集了11個(gè)SARS-CoV流行早期至中期的基因組，32個(gè)SARS-CoV流行晚期的基因組以及46個(gè)SARS-CoV-2基因組。

令人驚訝的是，與SARS-CoV相比，SARS-CoV-2表現(xiàn)出較低的遺傳多樣性，而SARS-CoV在其流行的早期到中期具有相當(dāng)大的遺傳多樣性。相比之下，SARS-CoV-2的遺傳多樣性與晚期流行SARS-CoV的遺傳多樣性更為相似。

SARS-CoV和SARS-CoV-2遺傳差異的比較，在同樣的時(shí)間范圍內(nèi)，SARS-CoV-2（紅色）的遺傳多樣性比早期到中期SARS-CoV（藍(lán)色）的少

此前對(duì)SARS-CoV的研究表明，在早期和中期傳播階段，SARS-CoV受到的選擇壓力（又稱為進(jìn)化壓力，指外界施與一個(gè)生物進(jìn)化過(guò)程的壓力）最大，并在流行晚期時(shí)選擇壓力減弱。在從蝙蝠、果子貍傳播到人類以及接下來(lái)的人際傳播的過(guò)程中，一系列適應(yīng)活動(dòng)使病毒具有高度傳染性，這一高傳染性主導(dǎo)了其晚期流行階段。

非同義和同義替代率（dN和dS）通常用于模擬病毒S蛋白（在病毒入侵人體時(shí)與宿主受體結(jié)合并影響宿主特異性）等基因經(jīng)歷的選擇壓力。研究人員在2020年1月、2月和3月每個(gè)月從不同的地理位置采樣50個(gè)SARS-CoV-2基因組，他們發(fā)現(xiàn)對(duì)于病毒S蛋白、Orf3a和Orf1a基因而言，新冠病毒中的dN和dS與SARS-CoV晚期流行時(shí)的情況更相似。

流行早期至中期的SARS-CoV、流行晚期的SARS-CoV以及2020年1月至3月的SARS-CoV-2樣本中S蛋白等基因的dN和dS對(duì)比情況

這些研究結(jié)果意味著，SARS-CoV-2在暴發(fā)之初就已經(jīng)高度適應(yīng)于人類，并表現(xiàn)出極強(qiáng)的傳播能力。

研究人員還表示，在人類和動(dòng)物中，一種更早期的、適應(yīng)性較差的共同祖病毒尚未被找到，其前體或分支也是缺失的。這表明該病毒以一種高人類適應(yīng)性的形式進(jìn)入人類社會(huì)，這也意味著在不久的將來(lái)再次出現(xiàn)SARS-CoV-2的風(fēng)險(xiǎn)較高，且其后果可能較嚴(yán)重。

自然界進(jìn)化可能使新冠病毒與多物種結(jié)合，應(yīng)擴(kuò)大采樣范圍

迄今為止，研究人員仍不確定新冠病毒的中間宿主是什么。此前的研究發(fā)現(xiàn)，與SARS-CoV-2關(guān)系最密切的冠狀病毒是蝙蝠冠狀病毒RaTG13，而從馬來(lái)西亞穿山甲中分離出的一種冠狀病毒的遺傳序列與SARS-CoV-2有高達(dá)91%的同源性，因此，研究人員認(rèn)為，就目前而言，蝙蝠是新冠病毒起源、穿山甲是中間宿主的可能性較大。

此外，研究人員指出，新冠病毒的S蛋白有可能在蝙蝠或多種中間宿主中自然進(jìn)化出其廣泛的物種向性，即它可能與多物種的受體結(jié)合。

此前有研究預(yù)測(cè)，SARS-CoV-2的S蛋白可能與100多種不同物種的ACE2（血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2，新冠病毒的人類受體）結(jié)合，并且比SARS-CoV對(duì)于蝙蝠和人類ACE2的結(jié)合性都強(qiáng)。

因此，盡管尚未發(fā)現(xiàn)蝙蝠冠狀病毒具有SARS-CoV-2樣的S蛋白R(shí)BD（受體結(jié)合域），但新冠病毒很可能在自然界中進(jìn)化，并且可以以最佳水平與不同物種的同一受體結(jié)合。研究人員建議，應(yīng)從更多物種中進(jìn)行冠狀病毒采樣，從而更好地掌握攜帶與SARS-CoV-2相似的RBD的冠狀病毒的物種范圍，明確其中間宿主。

為了尋找有關(guān)新冠病毒中間宿主的線索，研究人員還分析了有關(guān)SARS-CoV-2如何進(jìn)化和適應(yīng)人類傳播的最新發(fā)現(xiàn)，并研究了武漢華南海鮮市場(chǎng)的環(huán)境樣本。

結(jié)果表明，2020年1月份在市場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的病毒分離株不太可能起源于中間動(dòng)物宿主，而是最有可能來(lái)自被SARS-CoV-2感染的人，他們可能是市場(chǎng)里的賣家或顧客。

為了追蹤新冠病毒祖先病毒株，找出其中間宿主，研究人員提出了以下建議：

1、從市場(chǎng)、農(nóng)場(chǎng)和野生動(dòng)物中收集SARS-CoV-2樣病毒；

2、檢查2019年底前幾個(gè)月的人類樣本中SARS-CoV-2樣病毒或SARS-CoV-2反應(yīng)抗體，以檢測(cè)病毒在人類社會(huì)流行的前體；

3、對(duì)更多早期的SARS-CoV-2分離株進(jìn)行測(cè)序，特別是早期分離株，可以識(shí)別出人類適應(yīng)性較弱的祖細(xì)胞的分支；

4、評(píng)估食品經(jīng)營(yíng)者和動(dòng)物貿(mào)易商的患病率相較普通人是否過(guò)高，以確定動(dòng)物貿(mào)易中是否存在SARS-CoV-2祖先病毒株；

此外，應(yīng)更廣泛地限制人類活動(dòng)，減少人類與野生動(dòng)物及其棲息地的頻繁或長(zhǎng)期接觸。

（編輯：映雪）